黑龙江南瓮河国家级自然保护区是2003年6月经国务院批准晋升的国家级保护区。保护区基本建设投资累计为942万元，其中国家林业局非经营性投资882万元。南瓮河国家级自然保护区的建设和发展的总体目标是以生态系统多样性、生物多样性、遗传基因多样性的保护为基础，合理利用，有效管理，有效地保护该区域的森林湿地资源、野生物种以及嫩江源功能，保障其可持续地健康发展。 黑龙江南瓮河国家级自然保护区位于大兴安岭东部林区，伊勒呼里山南麓。属于水域内陆湿地生态系统类型，保护对象是区内的森林、沼泽、草甸和水域生态系统，以及珍稀野生动、植物。保护区内河流密布，沟壑纵横，湖泊星罗棋布，是嫩江主要发源地。二根河、南阳河、砍都河等二十几条河流汇入南瓮河形成嫩江。保护区面积229523公顷，是东北最大的森林湿地自然保护区。

黑龙江南瓮河国家级自然保护区内植物资源十分丰富，现有植物约1000余种，其中药用植物400余种。已发现植物资源61科42种，被列为国家重点保护植物有樟子松、钻天柳、黄波萝、草苁蓉、黄芪、五味子，珍稀兰科植物有紫点芍兰、大花芍兰、小斑叶兰、手参、鸟巢兰、绶草。保护区内分布的野生动物种类占大兴安岭野生动物种类90%以上，共有脊椎动物5纲74科309种，其中鸟类216种，国家一级保护鸟类7种，如白鹳、黑鹳、丹顶鹤、白鹤、白头鹤、黑嘴松鸡、金雕；国家二级保护鸟类40种。兽类49种，其中列为国家保护动物9种，如紫貂、猞猁、水獭、棕熊、貂熊、马鹿、驼鹿、原麝和雪兔。